Medicina é profissão regulamentada, normalmente fora do MEI, e o médico que atende por CNPJ costuma ser ME ou EPP no Simples Nacional. A nota de consulta ou plantão é uma NFS-e emitida no Emissor Nacional com o CNPJ e a senha do portal, sem certificado digital. No emissaoja você escolhe o paciente ou a clínica, digita o valor e revisa antes de emitir.
Como funciona a nota de médico
A descrição fica no nível do serviço, não do diagnóstico: consulta médica, retorno, procedimento ambulatorial, plantão, laudo. Nunca escreva o diagnóstico ou o nome do exame que o revela. A nota circula pelo financeiro do tomador e pela Receita; o sigilo médico vale nela também.
Tomador: paciente particular vai no CPF e nome, e ele vai usar a nota para deduzir a despesa no imposto de renda dele, por isso os dados precisam estar corretos. Hospital, clínica e operadora pagam pelo CNPJ: o emissaoja busca razão social e endereço na Receita.
Competência: consulta tem a data do atendimento; plantões e repasses de clínica em geral são faturados por mês, com uma nota por tomador e competência do mês trabalhado. ME e EPP emitem nota em todo atendimento, inclusive para paciente particular que não pediu.
O que costuma dar errado
Nota para o paciente sem CPF ou com CPF de outra pessoa. O pai paga a consulta do filho e pede a nota no CPF dele. Isso é permitido: o tomador é quem pagou, e a dedução no imposto de renda segue a regra de dependente. O erro é emitir sem CPF ou no CPF de quem não pagou. Peça o documento na recepção e salve o cadastro.
Retenção de ISS pelo hospital. Hospital e operadora de porte costumam reter ISS do médico pessoa jurídica, quando a lei do município permite. A revisão da nota mostra se o ISS consta como retido. Confira o contrato de repasse antes de emitir, porque nota emitida não se altera.
Retenção de IR, CSLL, PIS e COFINS. O financeiro do hospital aplica a rotina de prestador comum. Empresa do Simples Nacional, em regra, não sofre essas retenções de tomador privado. Entregue a declaração de optante pelo Simples no cadastro de fornecedor.
Sociedade uniprofissional e ISS fixo. Em muitos municípios, a sociedade de médicos recolhe ISS por valor fixo por profissional, e não sobre o faturamento. A nota continua sendo emitida; o que muda é o recolhimento, que depende da lei local. Confirme o enquadramento com o contador antes de configurar o serviço.
Exemplo de descrição
Consulta médica, outubro/2026
Esse texto é bom porque descreve o serviço e o período sem nenhum dado clínico, o suficiente para o paciente deduzir e para o fisco entender a atividade.
Perguntas frequentes
Preciso emitir nota para cada consulta do mesmo paciente?
Cada atendimento pago é um serviço e tem a sua nota, com a data. Se o paciente faz um pacote de acompanhamento mensal, uma nota por mês com o número de consultas é aceita.
Plantão em três hospitais. Três notas?
Sim, uma por tomador, com a competência do mês e, se o contrato pedir, o número de plantões. Os três ficam salvos no emissaoja para o mês seguinte.
O paciente pagou pelo plano e eu recebo da operadora. Nota para quem?
Para a operadora, que é quem paga o serviço, pelo CNPJ. O paciente não recebe nota nesse caso.
Se o seu atendimento se parece com o exemplo acima, o emissaoja emite a nota em dois cliques.